바이오스펙테이터

바이오스펙테이터 이효빈 기자

"27만개 세포", RNAseq+공간전사체 분석..미세환경, ‘암세포성장·면역회피’ 촉진

지니너스(Geninus)는 오는 17일부터 22일(현지시간)까지 샌디에고에서 개최되는 미국암연구학회(AACR)에서 대장암 환자의 면역항암제 치료반응을 결정하는 종양미세환경(TME) 연구결과를 포스터 발표한다고 14일 밝혔다.

연구팀은 원발성대장암 및 간전이 샘플과 정상조직 샘플의 상피세포 6만4911개를 포함한 총 27만3711개의 세포를 대상으로 단일세포 RNAseq(single cell RNA sequencing)을 수행했다. 이중 각각의 샘플에서 일관되게 나타나는 7가지의 종양관련 상피세포 클러스터를 각각의 아형으로 분류했고, 이를 공간전사체 데이터에 매핑해 종양 내 공간적 위치패턴도 평가했다.

아형분석 결과 ‘염증성(inflamed) 아형’과 ‘상피-중배엽 전이(EMT) 아형’은 진행성 종양에서 유의하게 증가하는 동시에 불량한 예후와 연관성이 있었다. 연구팀은 궤적 분석(Trajectory inference)을 통해 ‘증식(proliferating) 아형’에서 염증성 아형과 EMT 아형으로 향하는 연속적인 발달(developmental continuum) 양상을 확인했다. 이같은 결과가 종양세포가 EMT 및 염증성 상태로 전환 가능성을 시사한다고 회사는 설명했다.

공간전사체 분석결과 ‘리보솜(ribosomal) 아형’, ‘산화적 인산화(oxidative phosphorylation) 아형’, 증식 아형 등은 종양 중심부에 분포한 반면 염증성 아형과 EMT 아형은 주로 종양 가장자리에 존재했으며, 종양세포가 퍼지기 시작하는(tumor budding) 부위에서 EMT 아형이 우세하게 분포했다.... <계속>